Pada tahun 1950-an dibentuk organisasi Dinas Kesehatan dengan nama Djawatan Kesehatan Kota yang berlokasi di Jalan Kesehatan Raya, Jakarta Pusat. Kemudian, tahun 1960-an Djawatan Kesehatan Kota menjadi Inspektur Kesehatan Provinsi (IKES). Di tahun 1970-an, DKK menjadi Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta.

Sejak 1977, di Jakarta dibentuk juga Kantor Wilayah Departemen Kesehatan Provinsi DKI Jakarta yang menjadi perwakilan Departemen Kesehatan di Provinsi DKI Jakarta. Pada 2021, Kanwil Departemen Kesehatan Provinsi DKI Jakarta dan Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta diintegrasikan menjadi satu Satuan Kerja Perangkat Daerah yaitu Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta.

Di mulai pada 1985-1995, Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta dipimpin oleh dr. H. Soeharto Wirjowidagdo, MPH. Sejak 2019 hingga saat ini, Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta dipimpin oleh dr. Widyastuti, MKM.

Sesuai dengan Peraturan Daerah Nomor 2 Tahun 2019 tentang Perubahan atas Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi DKI Jakarta, Dinas Kesehatan merupakan salah satu susunan perangkat daerah Tipe A yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kesehatan.

Berdasarkan Peraturan Gubernur Provinsi DKI Jakarta Nomor 57 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah, Dinas Kesehatan berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah, melaksanakan tugas dikoordinasikan oleh Asisten Kesejahteraan Rakyat Sekretaris Daerah dan mempunyai tugas menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kesehatan yang menjadi kewenangan daerah.